Kaynarca İlçesi Kocaeli Yarımadasının Doğu Uzantısında, Sakarya Vadisi ile Karadeniz arasında yer almaktadır. Bu bölgenin tarihi Bitinya Krallığı ile başlar. (M.Ö.304-307) sonrası ise Pantos, Roma ve Bizans egemenliğine geçmiştir.

1299 yılında Söğüt dolaylarında Osmanlı beyliğini kuran Osman Gazi Karadeniz'e kadar olan yörenin fethini Akçakoca ve Konuralp beylere verir. Akçakoca beyi bu yörenin fethini 1308-1317 yılları arasında tamamlar.

Kaynarca'nın kesin kuruluş tarihi bilinmemektedir. Hoca köyü adıyla anılan köyün daha sonra Şeyhler adını alarak nahiye olduğu (1227 – 1888) tarihli Tapu kayıtlarından anlaşılmaktadır.1899 da meydana gelen büyük bir yangın sonucu Devlet daireleri önce Şeyh tımarı köyüne (1899-1909), sonra Kayacık-Çorallar köyüne (1909-1917) taşınır.1917 de tekrar nahiye olarak teşkilatlanan Şeyhler, 25.Mart 1920'de Yunan işgaline uğramış, 16.Nisan.1921'de geri alınmıştır. İkinci kez 30.Nisan.1921'de düşman işgaline uğramış ve 3.Mayıs 1921'de düşman işgalinden kurtarılmıştır.1922 yılında ikinci kez büyük bir yangın geçirerek 1922-1925 yılları arasında Topçu-Büyük Kaynarca köyüne nakledilmiştir.

Önce Kocaeli'ye (İzmit) bağlı olan Şeyhler 1868'de Kandıranın İlçe olması üzerine Kandıra'ya bağlanmıştır. 1.Nisan.1959 yılına kadar Kandıra İlçesine bağlı kalmıştır.

1.Nisan.1959'da 7033 sayılı kanunla “Kaynarca” adı ile İlçe olmuş ve 21.Ocak.1966 tarih ve 714 sayılı Kanunla'da Sakarya İline bağlanmıştır.